Sau khi Việt Nam rút quân, ngày 16 tháng 3 năm 1992, Cơ quan chuyển tiếp Liên Hợp Quốc tại Campuchia (UNTAC), dưới đại diện đặc biệt UNSYG Yasushi Akashi và Trung tướng John Sanderson, đã tới Campuchia để bắt đầu thực hiện kế hoạch hòa giải của Liên Hợp Quốc, kế hoạch này đã được ký kết nhờ kết quả của Hội nghị Paris năm 1991. Cuộc bầu cử tự do đã được tổ chức vào năm 1993. Đảng Campuchia Dân chủ (PDK) (lúc này chỉ còn kiểm soát 6% dân số Campuchia) đã cản trở người dân tham gia.

Hoàng thân Norodom Ranariddh thuộc đảng bảo hoàng Funcinpec là người nhận số phiếu bầu cao nhất với 45,5% phiếu bầu, chiếm 58 ghế quốc hội, tiếp đến là Đảng Nhân dân Campuchia (CPP) của Hun Sen (nguyên là Đảng cộng sản Campuchia) do Việt Nam hậu thuẫn chiếm 51 ghế. Funcinpec đã phải đàm phán để liên hiệp với Đảng Nhân dân Campuchia do Hun Sen lãnh đạo.[79]

Một cố gắng ám sát Hun Sen đã được tiến hành vào năm 1996 bởi hai kẻ bắn tỉa bắn vào xe của ông ở thành phố Kandal. Hun Sen bình yên vô sự và tiếp tục từ tư dinh của ông ở Takhmau tới điện Chamcarmon ở Phnom Penh. Các cuộc đàm phán bí mật của Ranariddh với Khmer Đỏ nhằm mục đích gây dựng liên minh được xem là một sự khơi mào chiến tranh, Hun Sen đã quyết định ra tay trước để loại bỏ nguy cơ Khmer Đỏ quay lại. Từ ngày 5-6/7/1997 đã xảy ra cuộc xung đột ngay tại Thủ đô Phnom Penh. Với sự hỗ trợ từ các cố vấn quân sự Việt Nam, CPP đã dùng lực lượng quân sự đập tan nhóm FUNCINPEC.

Ngày 10/7/1997, ASEAN đã quyết định hoãn lại việc kết nạp Campuchia. Đứng trước tình hình này, Việt Nam đã chủ động tiến hành các hoạt động nhằm giúp đỡ, tạo điều kiện tối đa để Campuchia sớm được gia nhập ASEAN, kêu gọi cộng đồng quốc tế công nhận chính phủ Phnom Penh. Trong một nỗ lực khác, Việt Nam đã tích cực vận động và thuyết phục những nước có quan điểm thận trọng (Thái Lan, Singapore, Philipines) chấp nhận kết nạp Campuchia vào ASEAN. Việt Nam đã chuẩn bị trước tài liệu “Lễ kết nạp Campuchia vào ASEAN” và phân phát tài liệu này tại Hội nghị quan chức cấp cao ASEAN (SOM) ngày 8/12/1998. Ngoài ra, để tạo điều kiện thuận lợi cho Campuchia, phía Việt Nam đã mời Thủ tướng Hunsen sang thăm chính thức Việt Nam vào ngày 13/12, hai ngày trước khi Hội nghị cấp cao lần thứ VI khai mạc, nhằm giúp Campuchia vận động và thuyết phục các nước.[80]

Trong cuộc bầu cử tháng 7/1998, đảng Nhân dân Campuchia (CPP) của Hun Sen giành thắng lợi. Hun Sen đã triển khai một chiến lược mới nhằm ly gián những đơn vị Khmer Đỏ còn lại bằng cách khuyến khích những lãnh đạo hàng đầu rời bỏ hàng ngũ chạy sang phía chính phủ. Quân số Khmer Đỏ giảm xuống còn 4.000 quân vào năm 1993 và chỉ còn khoảng 1.000 quân năm 1997. Khieu Samphan và Nuon Chea quy hàng Chính phủ Campuchia vào tháng 12/1998, Khmer Đỏ chính thức kết thúc tồn tại. Các lãnh đạo Khmer Đỏ còn sống cũng lần lượt bị bắt giam và bị tòa án quốc tế xét xử vì phạm những tội ác chiến tranh.